Markus Lemmer studierte Elektro- und Informationstechnik am Karlsruher Institut für Technologie (KIT) mit dem Schwertpunkt Regelungs- und Steuerungssysteme. Die Vertiefungsrichtungen seines Studiums lagen in den Bereichen Regelungstechnik und elektrische Antriebe. Während des Studiums praktische Tätigkeit in der Vorentwicklung der Siemens AG. Seine Masterarbeit mit dem Titel "Entwurf und Analyse zeitdiskreter Linear-Quadratischer Zwei-Spieler-Folgeregelungen" schrieb er am Institut für Regelungs- und Steuerungssysteme (IRS).

Seit Oktober 2018 ist er als wissenschaftlicher Mitarbeiter am FZI im Bereich Embedded Systems and Sensors Engineering (ESS) tätig.