Markus Lemmer studierte Elektro- und Informationstechnik am Karlsruher Institut für Technologie (KIT) mit dem Schwertpunkt Regelungs- und Steuerungssysteme. Seine Masterarbeit mit dem Titel "Entwurf und Analyse zeitdiskreter Linear-Quadratischer Zwei-Spieler-Folgeregelungen" schrieb er am Institut für Regelungs- und Steuerungssysteme (IRS).
Seit Oktober 2018 ist er als wissenschaftlicher Mitarbeiter am FZI im Bereich Embedded Systems and Sensors Engineering (ESS) tätig und beschäftigt sich dort mit der Entwicklung von Fahrermodellen für die simulative Absicherung hochautomatisierter Fahrzeuge.